Créé en 1835, le musée ne s'est installé définitivement dans les pavillons du complexe du Cinquantenaire qu'en 1889. Pourtant, l'histoire de ses collections remonte plus loin dans le temps, avec les œuvres de curiosité et les souvenirs offerts aux ducs de Bourgogne et de Habsbourg dès le XVe siècle.

Son objectif est aujourd'hui de présenter un large panorama des diverses civilisations et cultures, de la préhistoire à nos jours. Seules l'Afrique noire et la Mélanésie ne sont pas représentées, les collections ayant été transférées au musée royal de l'Afrique centrale à Tervuren. Les pièces non européennes sont réparties sur deux niveaux et regroupées par aire culturelle. Au rez-de-chaussée, la salle océanienne a conservé sa mise en scène de 1982, appréciée à l'époque pour son caractère novateur. Les œuvres y sont classées par genre ethnographique et sont le support d'une comparaison entre les techniques et créations des îles polynésiennes. Depuis l'expédition franco-belge de 1934-1935 sur l'île de Pâques, le musée continue à y mener des recherches archéologiques tout en développant un centre de documentation spécialisé. La pièce maîtresse de cette collection est une statue colossale Pou Hakanononga, rapportée en 1935 à bord du navire-école Mercator. Une importante collection de tapas est également conservée en réserve. Le monde indonésien occupe deux salles au premier étage, où les grandes cultures insulaires sont représentées par des créations artistiques et ethnographiques. Parmi les oeuvres exposées, citons des masques dayak de Bornéo, des monuments funéraires en pierre, des armes batak de Sumatra et une collection de manuscrits et de textiles.